Resumen : En l'an 2199, la flotte de la planète Gamilas attaque la Terre en projetant contre elle des astéroïdes radioactifs afin d'y éradiquer toute vie. Les humains n'ont d'autre choix que de se réfugier sous terre, créant de gigantesques cités.
Deux jeunes recrues militaires se retrouvent un jour sur la planète Mars afin d'inspecter les débris d'un vaisseau extra-terrestre. Il y découvrent le corps d'une jeune femme tenant dans sa main une capsule qu'ils décident de rapporter sur Terre.
Celle-ci contient un message de la reine d'Iscandar, Starsha. Cette dernière dit posséder une machine servant à décontaminer les planètes. La capsule contient également les plans d'un vaisseau permettant de rejoindre la planète Iscandar. Les humains vont alors le construire à partir des débris d'un vieux cuirassier de la seconde guerre mondiale et partir vers Iscandar à bord du Yamato !