Résumé : Un jour, des membres du gouvernement ont débarqué dans la classe des élèves en échec du célèbre collège Kunugigaoka. Ils sont arrivés escortés d'une créature tentaculaire prétentieuse. Elle a des raisons de l'être, car elle vient juste de réduire en poussière 70 % de la Lune. Comme son œuvre suivante est l'anéantissement de la Terre, elle est venue annoncer son projet à l'humanité. La réaction de celle-ci a été des plus saines : tenter d'éliminer la créature avant qu'elle n'accomplisse son projet…

Seul bémol, elle se déplace à une vitesse hypersonique. Aucune armée d'élite ni aucun sniper chevronné ne sont parvenus à atteindre une cible aussi rapide. À court de solutions, les gouvernements de la planète ont décidé de confier la lourde tâche de l'élimination de cette menace à la classe de 3e E.

En effet, pour une raison encore mystérieuse, la créature a désiré devenir le professeur de cette classe en particulier. Les élèves d'abord déconcertés vont accepter de jouer le jeu à l'annonce des 100 milliards de yens de récompense. La classe de 3e E reste composée malgré tout de tueurs improvisés. Depuis, les élèves doivent comploter quotidiennement pour trouver un moyen d'éliminer leur curieux professeur titulaire avant la fin de l'année scolaire. Cette étrange créature à l'apparence de poulpe est devenue leur cible à abattre !

Il faut alors faire preuve d'ingéniosité pour tuer un prof qui se déplace à Mach 20 et qui se régénère en quelques secondes. Le pire, c'est qu'il est plutôt bon prof ! Il sait conserver l'ordre au sein de son cours : “Les tentatives d'assassinat ne doivent pas perturber les cours”. Mais attention, les élèves de la 3e E ne sont pas les seuls ! Un agent du ministère de la Défense surentraîné comme prof de sport et des tueurs à gages faisant office de professeurs remplaçants sont là pour les coacher et tenter eux-mêmes d'assassiner Korosensei.

Une année scolaire mouvementée est à prévoir au sein de cette classe qui tue !