Résumé : En 1969, pendant l’explosion économique du Japon, une toute nouvelle organisation mondiale secrète, AEGIS, est créée afin de protéger la Terre de ceux que l’on nomme les Envahisseurs, dont l’objectif est d éliminer l’humanité tout entière. En parallèle de l’Histoire, c’est donc une lutte de l’ombre qu’engage l’AEGIS. Tout l’espoir de l’organisation repose sur ses membres appelés Gate Keepers, de jeunes adolescents ayant le pouvoir d’ouvrir des portes dimensionnelles, sources de puissance gigantesque. Ils sont recherchés dans le monde entier pour leur capacité à invoquer ces « Gates » car ils sont les seuls à savoir les manipuler. Shun est un lycéen ordinaire, au caractère dynamique et un peu tête en l’air. Sa rentrée scolaire se voit quelque peu perturbée quand l’attaque d’un Envahisseur le force à révéler le potentiel qui sommeillait en lui… C’est alors qu’il est recruté par l’AEGIS et qu’il prend la tête d’une équipe entièrement féminine. Mais alors que tout semblait blanc ou noir, tout bascule le jour où le groupe se retrouve confronté à un Gate Keeper… du camp ennemi !