Résumé : Sacha et ses amis rencontrent une famille descendant du Peuple des Mers protégeant un œuf de Manaphy, un Pokémon légendaire de type aquatique, qui faillit être dérobé par Fantôme, un redoutable pirate, avant que Jack Walker, un Pokémon Ranger, ne le récupère. L'œuf finit par éclore dans les bras de Flora et le petit Manaphy la considère alors comme sa mère. Mais le Pokémon a un destin à accomplir et nos héros doivent l'aider à rejoindre l'antique Temple des Mers et Flora, qui s'attache de plus en plus à ce Pokémon, doit se résoudre à l'idée qu'elle devra se séparer de lui. Le groupe ignore qu'ils sont suivis discrètement par Fantôme et la Team Rocket, bien décidés à mettre la main sur la légendaire Couronne des Mers que renferme le Temple...