Résumé : Dans un somptueux appartement de Tokyo, une belle femme blonde et élancée est tirée de son sommeil par un coup de téléphone d'un éminent scientifique, le professeur Amamori. Celui-ci voudrait que la jeune femme (qui s'appelle Yayoi Yukino) vienne le voir à l'observatoire car un de leur collaborateur, Daisuke Yamori, est de retour de mission avec des informations importantes. Avant de le rejoindre, Yayoi rentre dans une pièce secrète de son appartement où elle s'entretient avec l'hologramme d'une femme qui lui explique que sa mission est terminée et qu'elle doit rentrer sur sa planète d'origine. Yayoi est en fait la reine de la Terre envoyée en secret par la planète Râmethal, et comme toutes les souveraines qui ont régné avant elle, elle doit céder sa place à une nouvelle reine au bout de mille années. Or, ce délai est justement écoulé... Yayoi sort de la pièce, remplie de chagrin à l'idée de partir, lorsque soudain un jeune garçon montre son museau derrière l'une des fenêtres de l'appartement. Il s'agit de Hajime Amamori, neveu du professeur Amamori et élève de Yayoi.

Après avoir pris le thé avec Yayoi, Hajime s'en va tandis qu'une femme brune rentre à l'appartement. Prénommée Sélène, cette jeune femme est la sœur de Yayoi. Elle lui rappelle l'arrivée du "millième printemps" et lui reproche son attachements aux humains. Bien qu'elle se montre froide, Sélène s'inquiète beaucoup pour sa sœur. Une fois Sélène partie, Yayoi regarde une vidéo enregistrée par son fiancé, Farah, dans laquelle celui-ci lui promet qu'ils se retrouveront une fois que le millième printemps sera venu. Yayoi se rend ensuite à l'observatoire où elle apprend que la planète Râmethal va entrer en collision avec la Terre dans exactement 180 jours et que, vu sa taille (9 fois celle de notre astre), la planète bleue sera totalement détruite.

Un peu plus tard, le professeur Amamori est informé que l'usine où travaillaient son frère et sa belle-sœur a explosé. Yukiko retrouve Hajime au musée de la guerre (où il faisait une visite scolaire) et constate qu'il a déjà appris la mort de ses parents. Malgré sa peine, Hajime veut se montrer fort car il veut sauver la Terre. Alors que sur Râmethal les habitants se réveillent de leur long sommeil (et en particulier la reine Rarela et le chef des armées Farah), sur Terre Hajime et son oncle découvrent l'existence de la reine Millénium. Après s'être entretenue avec Daisuke Yamori, un homme travaillant à l'observatoire mais qui est en fait le capitaine de sa garde, Yayoi retourne chez elle afin de parler avec l'hologramme de son fiancé. Ce dernier lui affirme qu'il n'est pas prévu que la Terre soit détruite par Râmethal. Pourtant, au même moment, une pluie d'astéroïdes venus de Râmethal s'abat sur la Terre.

Inquiet pour son amie, Hajime court à l'immeuble de Yayoi mais celle-ci est déjà partie. En revanche, il rencontre une étrange vieille femme qui lui demande de la suivre. Cette femme, qui est au service de la reine Millénium apprend à Hajime que celle-ci désire le voir. Elle l’amène jusqu'au cimetière sacré où se trouvent les corps de toutes les reines qui ont régné sur la Terre et qui ont renoncé à la quitter en raison de leur attachement aux humains. Mirai, la gardienne de ce cimetière, conduit ensuite Hajime jusqu'à la salle du trône où l'attend la reine. Hajime (qui ne reconnaît pas son amie Yayoi) la supplie de sauver la Terre mais elle lui répond que c'est impossible, tout ce qu'elle peut faire c'est sauver les Terriens en leur donnant le moyen de fuir leur planète. Hajime est furieux de la lâcheté des humains car selon lui on ne peut abandonner la Terre, il faut également la sauver...

Plus tard, tandis que Hajime retrouve son oncle dans le vaisseau de Millénium, la reine Rarela demande au général Farah de lui exposer ce qui se passe sur Terre. Ainsi, elle apprend que les humains sont en train de fuir la planète bleue, ce qui lui fait plaisir car son véritable plan n'est pas de la détruire mais de l'envahir afin que les habitants de Râmethal n'aient plus à subir le terrible hiver qui les touchent pendant mille années lorsque leur planète s'éloigne du soleil. Sur le vaisseau de Millénium, on remarque justement que l'orbite de Râmethal vient de changer : elle ne percutera pas la Terre. Sélène arrive sur ces entrefaites et explique à Yayoi qu'elle a été trompée par tous, y compris son fiancé Farah. Yayoi demande à Yamori s'il était au courant du plan d'invasion et ce dernier répond par l'affirmative. Bien qu'il soit amoureux d'elle, il ne s'est jamais considéré comme son serviteur mais comme un fidèle de Farah. Comprenant qu'il ne fait que l'espionner pendant les mille dernières années, Yayoi chasse Yamori. Le professeur Amamori lui apprend ensuite que la Terre est secouée par des secousses sismiques dû à la création d'un pont magnétique entre elle et Râmethal.

Un combat titanesque commence alors entre les envahisseurs guidés par Rarela et Farah et les défenseurs de la Terre, organisés autour de Yayoi/ Millénium et Sélène. A bord de son vaisseau, Yayoi contacte Farah. Celui-ci lui confirme le souhait de Rarela de conquérir la Terre. Il lui propose de la rejoindre mais Yayoi refuse et coupe court à leur discussion. Elle retrouve ensuite Hajime qui lui offre un bracelet qu'il a fabriqué. Plus tard, Hajime remarquera que la reine porte elle aussi ce bracelet et comprendra enfin qu'elle et Yayoi sont une seule et même personne. Pendant ce temps, le croiseur de Sélène est touché et la jeune femme meurt dans l'explosion de son appareil. Hajime, apprenant que son père a construit le vaisseau de Millénium, décide de se battre pour sa mémoire et demande son aide à Yamori, qui n'a pu se résoudre à abandonner sa reine. Ils partent tous deux au musée de la guerre afin de se servir des engins militaires de la seconde guerre mondiale qui y sont exposés. Yamori décide alors de sacrifier sa vie pour sa reine et fonce tout droit avec son appareil sur le croiseur amiral qui explose sur le coup.

Au même moment, Yayoi demande à Mirai de lui donner sa vie afin de ressusciter les anciennes reines de la Terre (dont fait partie... Cléopâtre !). Ces dernières utilisent leur pouvoir pour mettre en déroute les troupes ennemies tandis que Yayoi arrive sur sa planète natale pour s'entretenir avec la reine Rarela. En entrant dans la salle du trône, Yayoi découvre le corps d'une femme... celui de la reine qui aurait dû lui succéder en tant que souveraine de la Terre. Alors que Yayoi tente en vain de convaincre Rarela de renoncer à son plan, Farah rentre dans la salle. La reine de Râmethal explique alors que sa planète est sur le point d'être engloutie par un soleil noir qui suit le même orbite qu'elle, et, si elle renonce à l'invasion, ses semblables seront tous anéantis. Yayoi plaide pour une coexistence entre les deux peuples mais Rarela refuse, les Terriens sont une menace pour son peuple. Puis elle lance sur Yayoi un rayon de lumière qui vient la toucher en plein cœur. Elle demande ensuite à Farah d'achever Millénium et de faire en sorte qu'elle puisse récupérer son corps afin de s'y installer. Hajime arrive à ce moment-là et tire sur Farah, néanmoins il est désarmé par Rarela. Soudain, la reine est touchée par un rayon lumineux. C'est Yayoi qui, dans un ultime effort, a trouvé la force nécessaire pour sauver la vie de son ami. Farah se relève lui aussi et saisit l'auréole de Rarela pour la priver de ses pouvoirs. Il meurt après avoir réussi tandis que la reine désormais impuissante est détruite en même temps que son palais par les anciennes reines de la Terre.

Sur son lit de mort, Yayoi demande son pardon à Hajime. Elle considère en effet que c'est de sa faute si ses parents ont été tués dans l'explosion de leur usine. Hajime lui dit qu'il ne lui en veut pas car elle-même a perdu sa sœur, son fiancé et son ami Yamori pour sauver la Terre. A l'observatoire, on remarque qu'une galaxie semblable à la nôtre s'approche et Hajime craint que la rencontre entre les deux galaxies provoque leur destruction. La gardienne éternelle (la vieille femme qui l'avait conduit à Millénium) apparait et explique que le soleil noir de Râmethal, Rha, va entièrement le recouvrir. Il ne sera alors plus possible de faire dévier Râmethal de sa trajectoire. Ironiquement, il était dès le départ improbable que les habitants de Râmethal s'installent sur la terre car il était déjà prévu qu'elle soit détruite. Il existe cependant une solution pour la sauver : la reine Millénium (dont le vrai nom est Prométhium) devra envoyer Râmethal au fin fond de l'univers, là où aucun rayon du soleil ne pourra l'atteindre. Cependant, pour réaliser cela, elle devra renoncer à sa vie. Hajime retourne au chevet de la reine mais il est déjà trop tard, elle a rendu son dernier souffle. Elle a néanmoins laissé une lettre d'adieu à Hajime. Celui-ci part ensuite assister aux obsèques de son amie. Là, la gardienne éternelle lui dit que s'il croit en la réincarnation, il retrouvera sans doute Yayoi un jour. Puis, les anciennes souveraines de la Terre s'en vont, emmenant avec elle le cercueil de la dernière reine...