Résumé : Ken Kitazawa se voit dans l'obligation d'utiliser l'agent chimique Z, un nouveau procédé de l'agent chimique X, afin de détruire un glacier géant. Une fois cela fait,des lumières noires et également des lumières blanches s'échappèrent du glacier et s'éparpillèrent dans le ciel. Trois jeunes filles ordinaires, Momoko, Miyako, et Kaoru, ont été la proie des feux blancs et sont rapidement devenus la nouvelle défense de la ville de Tokyo: les Powerpuff Girls Z. Toutefois, les autres petits feux noirs vont se tourner vers le côté du mal. Et ainsi, en utilisant les ultra super pouvoirs, Hyper Blossom (Momoko), Rolling Bubbles (Miyako), et Powered Buttercup (Kaoru) ont consacré leur vie à la défense de Tokyo.