Resume : Sacha et Pierre, désormais accompagnés par Aurore, arrivent dans la majestueuse ville d'Alamos, où d'étranges évènements surnaturels viennent de se déclencher. Les soupçons se portent sur le mystérieux et cauchemardesque Pokémon Darkrai et les habitants, menés par le Baron Alberto, décident d'affronter la créature. Ils ignorent qu'au même moment, un terrible combat a lieu entre deux Pokémon légendaires, Dialga et Palkia, venus d'une autre dimension. Palkia ayant été blessé durant l'affrontement, il a plongé Alamos dans une faille dimensionnelle pour pouvoir s'y cacher (d'où les phénomènes étranges qui s'y produisent) mais son adversaire finit vite par le rejoindre et la ville, qui doit subir la violence du combat en plus de l'absorption de la dimension, court à se perte. Sacha et ses compagnons, rejoints par la jeune Alice et le scientifique Tonio, vont devoir mettre un terme à ce chaos destructeur en rejoignant le haut de la Tour de l'Espace-Temps pour que ses mécanismes fassent résonner, dans toute la ville Oración, un air dont on dit qu'il a le pouvoir d'apaiser les conflits.